El OIC del CIDETEQ, es el área adscrita al Centro pero que depende funcionalmente de la Secretaría de la Función Pública, y que se encarga de ejecutar el sistema de control y evaluación gubernamental, y de promover acciones que contribuyan al cumplimiento de la misión, visión, objetivos y marco jurídico de la institución, a través el acompañamiento y apoyo continuo en la instrumentación de políticas de control, evaluación, transparencia, rendición de cuentas, modernización, mejora de la gestión, integridad, ética y prevención de conflicto de interés.
El OIC lleva a cabo las acciones que permiten controlar que los procesos y procedimientos que realizan los servidores públicos en el CIDETEQ como entidad del Gobierno Federal estén apegados a la legalidad y que contribuyan al cumplimiento de los objetivos sustantivos del Centro. En caso de no ser así, el Titular del Órgano Interno de Control es quien posee la autoridad para atender, tramitar y resolver las quejas o denuncias presentadas por incumplimiento a las obligaciones de los servidores públicos, y para investigar y fincar las responsabilidades a que haya lugar e imponer las sanciones respectivas en términos de la Ley Federal de Responsabilidades Administrativas de los Servidores Públicos y demás normatividad aplicable.